El gobierno de Costa Rica a través de su canciller Enrique Castillo dijo que el estudio realizado por especialistas del Centro de Investigación para los Recursos Acuáticos de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (CIRA-UNAN), el Centro Humboldt y la Fundación del Río, no tiene “fundamento” y que es promovido por el gobierno de Nicaragua .

Los especialistas señalaron a través de una investigación de todo el año 2012 que la carretera que construye paralela el gobierno de la presidenta tica Laura Chinchilla afectó al menos 600 especies de fauna y 13 mil 052 en total, incluyendo flora, en el Rio San Juan, afirmó el doctor Salvador Montenegro del CIRA_UNAN, quien rechazó las afirmaciones. "El contenido de nuestro trabajo es una invitación a ser comprobado, Costa Rica, en vez de buscar descalificación, que busque corroborar los impactos", dijo Salvador Montenegro.